جوامع اسلامی به ویژه هندوستان، در دوران زندگی میرحامدحسین، بیش از پیش دچار آشوب و تفرقه شده بود. استعمارگران و دشمنان اسلام، همواره برای دست یافتن به اهداف شوم و غارتگرانه خود، دوست داشتند كه مسلمانان با هم اتحاد نداشته باشند و مدام با خصومت زندگی كنند. بدین خاطر گاه دانشمندانی را در میان خود مسلمانان تحریک می‌كردند تا با نوشتن و یا گفتن حرفهایی تفرقه‌افكن و اختلاف‌آفرین، صفوف آنان را بر هم زنند و محیط زندگی برادرانه را تبدیل به بلوا و آشوب و سوء‌ظن و دشمن سازند.
علامه سیدمحمدقلی پدر میرحامدحسین، سالها عمر خود را صرف جواب دادن به شبهات و تهمت‌هائی كرد كه دشمنان اسلام، به دست برخی از دانشمندان مسلمان، علیه شیعه و مكتب اهل بیت (علیهم السلام) شایع می‌كردند. اكنون بعد از پدر نوبت به پسر صالح و خلف او یعنی علامه میرحامدحسین هندی رسیده بود. او مشاهده می‌كرد كه چه افتراها و تهمتهایی بر شیعه می‌بندند كه روح شیعه از آنها خبر ندارد… این بود كه تصمیم گرفت كمر همت ببندد و همچون پدرش، در عرصه قلم و تحقیق و تتبع و بیان حقائق اسلام و وقایع تاریخ اسلام، به دفاع از حق بر خیزد و به تهمت‌های مغرضانه و جاهلانه و خصومت آمیز دشمنان تشیع، پاسخ دهد.
نخستین كارش، نقد، بررسی، تصحیح و تهذیب بعضی از كتابهای ارزشمند پدرشان علامه سیدمحمدقلی، بود. چرا كه بسیاری از آثار پدرش، در دفاع از مكتب شیعه و پاسخ به ایرادهای مخالفان تشیع بود و شایسته بود كه پسر دانشمند و فرزانه، آنها را تصحیح و چاپ و منتشر كند. میر حامد حسین سالهایی از عمر گرانمایه خود را در این راه صرف كرد و از این رهگذر، خدمات شایانی به عالم تشیع ارزانی داشت. آنگاه خود اقدام به نوشتن كتاب نمود.
اینك به ذكر پاره‌ای از آثار علامه می‌پردازیم:
1. استقصاء الافحام، ده جلد و به فارسی است. مولف در این كتاب، مطالبی را پیرامون قرآن كریم، حضرت مهدی (عجل الله تعالی فرجه الشریف) شرح حال بسیاری از دانشمندان اهل سنت و اصول و فروع دین، مطرح كرده است و پاسخی است به كتاب (منتهی الكلام ) تالیف حیدر علی فیض آبادی حنفی، كه مشتمل بر مطالبی شبهه آمیز و بی‌اساس درباره شیعه بود
2. شوارق النصوص، پنج جلد در علم كلام .
3. افحام اهل المین، ردی است بر كتاب (ازاله الغین) تالیف حیدر علی فیض آبادی حنفی .
4. اسفار الانوار، سفر نامه حج و كربلا.
5. كشف المعضلات فی حل المشكلات.
6. العضب البتّار فی مبحث آیة الغار.
7. النجم الثاقب فی مساله الحاجب، كتاب فقهی در موضوع ارث.
8. الدرر السنیة فی المكاتیب و المنشات العربیة.
9. زین الوسائل الی تحقیق المسائل، مسائل فقهی و گوناگون.
10. الذرایع فی شرح الشرایع، شرح شرایع الاسلام علامه حلی .(1185)
11. عبقات الانوار فی مناقب ائمة الاطهار.
